برامج الدكتوراه في CEU هي برامج دراسية ممولة بالكامل بمدة قياسية مدتها 4 سنوات وتمنح درجة علمية من الولايات المتحدة والنمسا. تتمثل مزايا برنامج الدكتوراه في CEU في الفصول الدراسية والمناقشات بين الطلاب المتخصصين في مواضيع مختلفة، وفترات مختلفة، ومناطق جغرافية مختلفة، حيث يمكن صياغة أسئلة بحثية جديدة، حتى حول التاريخ الوطني للفرد. البحث الذي يجريه دكتوراه الحالي. يقدم الطلاب والأطروحات الناجحة التي تم الدفاع عنها بالفعل أفضل فكرة عما هو ممكن في برنامج الدكتوراه في تاريخ CEU.

يركز الطلاب في هذا التركيز على مقارنة نهجين لاهوتيين أو أكثر للموضوعات في مجال الأخلاق.

مستوحى من السياق العالمي التعددي المتزايد الذي يجمع العوالم الدينية المتنوعة، يعد هذا التركيز الطلاب للمشاركة في دراسة اللاهوت والممارسات والأخلاقيات المتميزة للأديان المختلفة من منظور حواري.

تخصص الدراسات العليا في إدارة التراث الثقافي هو الأول من نوعه في المجر. إنه يوفر للطلاب فرصة الدراسات العليا لدراسة الطلب المتزايد في أوروبا على المهنيين المدربين الذين يمتلكون المهارات والتعليم لفحص مفاهيم وأهمية التراث الثقافي والأنظمة العاملة المستدامة التي تهدف إلى الحفاظ على التراث الثقافي وحمايته للأجيال القادمة.