يقدم مركز ميلتون درجة الدكتوراه. برنامج في التربية اليهودية. ساهم خريجو البرنامج بشكل كبير في قاعدة المعرفة في المجال وهم موجودون في مناصب أكاديمية وتعليمية مؤثرة في إسرائيل وفي جميع أنحاء العالم.

جميع الطلاب يسجلون في السنة الأولى من البرنامج كطلاب MPhil. تتم الترقية من MPhil إلى PhD في نهاية الدورة الأكاديمية الأولى للطلاب المتفرغين (أو في نهاية الدورة الأكاديمية الثانية للطلاب غير المتفرغين). يتم تزويد جميع طلاب MPhil / PhD الجدد بلجنة إشرافية مكونة من ثلاثة أعضاء ، يتألفون من مشرف رئيسي أو رئيسي ، ومشرف ثان وثالث. الانقسام في الالتزام الزمني عبر اللجنة الإشرافية هو 60:25:15. في السنة الأولى ، يُتوقع من الطلاب مقابلة مشرفهم الرئيسي مرتين في الأسبوع لمدة ساعة على الأقل.