برامج الدكتوراه في CEU هي برامج دراسية ممولة بالكامل بمدة قياسية مدتها 4 سنوات وتمنح درجة علمية من الولايات المتحدة والنمسا. تتمثل الأهداف الرئيسية لبرنامج الدكتوراه في الدراسات الحديثة المتأخرة والعصور الوسطى وأوائل العصر الحديث في تشجيع البحث متعدد التخصصات في العصور الوسطى وفتح وجهات نظر جديدة وتطوير مناهج جديدة.