برامج الدكتوراه في CEU هي برامج دراسية ممولة بالكامل بمدة قياسية مدتها 4 سنوات وتمنح درجة علمية من الولايات المتحدة والنمسا. لا يحتوي برنامج الدكتوراه على مسارين منفصلين لعلم الاجتماع والأنثروبولوجيا، حيث يتم دمج كلا التخصصين. يتم تشجيع الطلاب على إجراء البحوث التجريبية باستخدام مجموعة واسعة من المنهجيات، ومع ذلك، يتم إعطاء الأولوية للمناهج المستنيرة نظريًا والتي تحتضن أجندة فكرية واسعة.